日本の鉄道は大きく分けると、JRグループ（元々日本国有鉄道であり、国の事業であったものが分割民営化された）や第三セクター鉄道、東京地下鉄などの鉄道、および私企業（株式会社）で運営されている鉄道会社があります。

それぞれが独自の路線をもっており、駅は連結しているところはあるものの、それぞれが独自の駅を持ってます。駅名は地名に由来するところが多いので、同じような駅名で路線が違う場合も多々あるので、目的地や待ち合わせではどの鉄道会社の駅か確認しておいた方がよいでしょう。

Japan Rail Pass (https://japanrailpass.net/about_jrp.html)
ジャパン・レール・パスは、JRグループ6社が共同して提供するパス（特別企画乗車券）です。　日本を観光目的で訪れる外国の方には、日本中を鉄道でくまなく旅行して回るのに適した経済的で便利なきっぷです。JRグループであれば、列車の他、バス、フェリーにも乗ることができます。

購入の際に入国時に入国審査官よりあなたのパスポートに"短期滞在”のスタンプをされるかシールを貼られます。最近入国で自動化ゲートがあります。　こちらを通過するとスタンプ/シールが貰えませんので、有人のゲートか係員にスタンプ/シールをお願いすることを忘れないようにして下さい。Web販売サービスで購入して、または引換証を携えて訪日しても、あなたがこの「短期滞在」の入国資格をもたないと、ジャパン・レール・パスとの引換・受取は実行されません。（研修・仕事などの資格での入国はその資格がないことにも注意してください。）

詳しくは下記サイトをご参照ください。